Recherches et découvertes
En complément des études historiques préalables aux restaurations, l’observation fine de la cathédrale, à la faveur des chantiers, contribue à la connaissance de l’édifice, valorisée par des publications.
Les auteurs sont ceux qui interviennent directement à la cathédrale ou des érudits et universitaires auxquels l’administration accorde l’autorisation de pénétrer dans les zones de travaux et d’accéder aux échafaudages pour « mettre le nez sur la pierre ». Léonard Hippolyte Roger et Jules Dumoutet écrivent chacun une monographie sur le monument ; il est permis à Albert des Méloïzes, président de la Société des antiquaires du Centre, de dessiner les vitraux pour son bel ouvrage, etc.
Parfois la confidentialité est de rigueur. Dans une lettre du 19 septembre 1904, Henri Tarlier réprimande Paul Gauchery d’être venu relever et photographier des objets de fouille :
« vous êtes venu avec une autre personne, relever et photographier divers objets provenant de nos fouilles de la cathédrale (...) je suis forcé à mon regret de vous prier de n'amener personne au chantier et de vous contenter de regarder ! J’ai des instructions sévères, vous faîtes beaucoup de jaloux en vous promenant partout à l’aise et, chaque jour, cette maudite défense me fait des ennemis de plus. Si on apprend, et cela ne fait aucun doute, que vous dessinez et photographiez, cela sera un tas de potins et de rapports dont je frémis à l’avance ».
En effet, Paul Boeswillwald, qui donne les ordres, est critiqué pour interdire l’accès aux fouilles lors de l’aménagement du caveau des archevêques.
Dans le fonds de Paul Gauchery, est conservé un dessin du caveau des archevêques de Daniel Lacroix, daté de la même année que la lettre. Daniel Lacroix serait-il la personne que Paul Gauchery a fait entrer sur le chantier sans l'accord d'Henri Tarlier ?... Cela est fort probable !
D’abord étudiée par les érudits locaux et les quelques chercheurs parisiens en correspondance régulière avec Paul Gauchery (Camille Enlart, François Deshoulières, Amédée Boinet), la cathédrale de Bourges devient un exemple national grâce à l’enseignement dispensé par Henri Focillon à la Sorbonne puis à l’université de Yale, aux États-Unis, dans les années 1930.
Un étudiant américain, Robert Branner (1927-1973), en fait son sujet de recherche. Il réalise les fouilles du chœur et analyse les phases gothiques de construction de part et d’autre de la « coupure Branner », après la 8e travée de la nef. Il trouve une aide précieuse en Robert Gauchery qui se plaît à dessiner nombre de détails dans ses carnets.
Certains aménagements impliquant l'enlèvement du dallage de la nef suscitent l'ouverture des premières fouilles. Ainsi Léonard Hippolyte Roger, inspecteur diocésain, retrouve quelques fragments du jubé et une partie du chœur de la cathédrale romane en 1856 alors qu'il suit la mise en place d'une nouvelle clôture de chœur. Des fouilles plus importantes mettent au jour le reste des fragments du jubé et le caveau des archevêques à partir de 1894, date de la construction de la salle de chauffe du calorifère. Elles sont ensuite complétées par les sondages de Branner réalisés en 1951-1952, sous la direction de l’ACMH Michel Ranjard, encore actif en 1971 lorsque l’archéologue Alain Ferdière, en collaboration avec Pierre Bailly, dégage des vestiges gallo-romains à l’emplacement de l’ancien archidiaconé.