L'insoluble problème de l'eau
La problématique de tout canal est d’assurer de manière régulière et pérenne son alimentation en eau. Dès sa construction, la difficulté d’approvisionnement en eau se pose pour le canal de Berry, un point faible qui perdurera tout le temps de son exploitation.
Dans ses extrémités ouest (en aval de Bourges) et sud (entre Montluçon et Saint-Amand-Montrond), les dérivations par des prises d’eau aménagées sur le Cher et ses affluents permettent, or périodes de sécheresse, d’alimenter convenablement le canal. Il n’en est pas de même dans sa partie centrale, au niveau des deux biefs de partage. Les ingénieurs ont surestimé les capacités de l’Auron et de l’Aubois, tout comme les pertes d’eau dues aux fuites, à l’évaporation et à l’éclusage.
Avant même la fin de la construction du canal, les services des Ponts-et-Chaussées décident de placer une digue sur l’Auron, à la hauteur de la Goule pour former une retenue d’eau de 4 millions de mètres-cubes capable d’alimenter par une rigole le bief de partage supérieur. On complète le dispositif, peu de temps après pour le bief de partage de Fontblisse, par la construction d’un deuxième réservoir sur la Marmande, celui du Pirot, alimenté également par plusieurs ruisseaux de la forêt de Tronçais. En amont de Montluçon, un troisième réservoir, celui des Étourneaux, est construit en 1872, et un quatrième, au Pondy, en 1929.
Mais les réservoirs ne sont pas remplis pendant l’hiver, on décide par conséquent de construire à partir de 1877 une usine élévatoire, ou hydraulique, à Mornay-sur-Allier, située à une dizaine de kilomètres du canal. Ses pompes à vapeur puisent l’eau dans la rivière d’Allier pour la refouler dans deux tuyaux en fonte jusqu’au bief de partage puis par une rigole d’amenée vers le canal. Malgré son électrification en 1938, les capacités de l’usine ne sont pas suffisantes. Certains imaginent dès lors de construire depuis Moulins un nouveau canal de liaison avec l’Allier, dont le cours est à une altitude plus élevée que celle du canal de Berry. Un projet considéré comme trop coûteux qui ne verra jamais le jour.